在纽约市的某个阴暗角落，一种新的威胁正在悄然逼近。忍者神龟们感受到了周围环境的变化，阴云密布，黑暗的力量从未有过的方式侵袭着他们的家园。敌人并非来自他们熟悉的老对手，而是一个未知的势力，一种强大的黑暗生物，它们能操控影子，吞噬光明。
随着黑暗势力的蔓延，城市的居民开始感到无形的恐惧。人们的生活被迫改变，夜晚变得不再安全，传言四起，神秘失踪的人数不断增加。忍者神龟们深入调查，发现这些失踪者似乎与一种古老的黑暗邪恶有关，这个邪恶在历史长河中被遗忘，却在这个时刻重新醒来。
为了对抗即将来临的灾难，忍者神龟们决心团结一致，重整旗鼓。他们在大师斯普林特的指导下，重新修炼绝技，增强自己的力量。每个忍者神龟都明确了自己在这场战斗中的角色，莱昂纳多承担了领导的责任，米开朗基罗以幽默的方式鼓舞士气，拉斐尔则用冷酷的决心激励着队友，而多纳泰罗不断研发新工具以应对未知的敌人。
当夜幕降临，黑暗势力的首领开始显露出真实的形态。他们的力量源于人们的恐惧，忍者神龟们明白，必须战胜内心的恐惧，才能对抗这股邪恶。面对纷至沓来的敌人，忍者神龟们用自己的智慧和勇气一次又一次化险为夷，他们在战斗中不仅要与敌人搏斗，更要与自己的恐惧和怀疑对抗。
经过一场场激烈的战斗，忍者神龟们终于找到阻止黑暗势力的方法。在最后的决战中，他们联合发起了绝地反击，利用彼此的优势和新研发的武器，最终打败了邪恶势力的首领，驱散了笼罩城市的阴影。随着光明的回归，消失的居民也逐渐回到了人们的视野中，城市的生活重新恢复了往日的平静。
这次历险让忍者神龟们意识到，团结与信任是战胜一切黑暗的关键。每个人都有自己的恐惧，但是面对恐惧，唯有勇气、智慧和团结才能带来真正的胜利。黑暗虽然可怕，但光明的力量总能胜出，忍者神龟们在奋斗中不断成长，彼此的关系也在信任中加深，他们知道，无论未来还有什么挑战，四人始终会并肩作战。
